Rosjanie przez cały okres powojenny blokowali dostęp do Bałtyku od strony Zalewu. Obowiązujące polsko – radzieckie jeszcze umowy dwustronne teoretycznie zapewniały przepływ polskich statków przez Cieśninę Pilawską. Były to jednak w okresie komunistycznym tylko martwe zapisy. Pierwszy polski rejs przez cieśninę odbył się dopiero 23 czerwca 1989 roku. Wtedy to polski jacht "Misia II" dokonał swobodnego przejścia przez Cieśninę Pilawską, płynąc z Elbląga do Gdyni. Na jego pokładzie płynął ówczesny poseł, Edmund Krasowski. Był to akt polityczny mający zmusić Rosjan do respektowania zasad wolnej żeglugi na Zalewie Wiślanym.

Potem przez całe lata 90 - te bez większych problemów z cieśniny korzystali polscy armatorzy. Popularne stały się też wycieczki po Zalewie Wiślanym, których portem docelowym był Kaliningrad. By jednak unormować to prawnie, oficjalne polsko - rosyjskie rozmowy międzyrządowe dotyczące żeglugi po Zalewie zostały podjęte wiosną 1991 roku. Rosjanie swoim zwyczajem piętrzyli przeszkody nie doprowadzając do podpisania żadnej umowy. Ostatecznie w 2003 roku Rosjanie zamknęli praktycznie możliwość rejsów polskich statków po swojej części Zalewu jak i korzystania z Cieśniny Pilawskiej.

10 grudnia 2004 roku MSZ RP przedłożyło projekt Umowy między Rządem Rzeczypospolitej Polskiej, a Rządem Federacji Rosyjskiej o żegludze po Zalewie Wiślanym i przez Cieśninę Pilawską. W związku z brakiem odpowiedzi na propozycję 28 października 2005 r. polskie MSZ przekazało Ambasadzie Federacji Rosyjskiej w Warszawie notę monitującą, z prośbą o ˝informację na temat stanu zaawansowania prac strony rosyjskiej nad przedmiotowym projektem oraz podanie ewentualnego terminu rozpoczęcia negocjacji˝. W dniu 16 grudnia 2005 r. wpłynęła do MSZ nota Ambasady FR informująca, że problemem zajmuje się grupa robocza ds. określenia warunków technicznych żeglugi po Zalewie Wiślanym/Kaliningradzkim. Strona rosyjska zobowiązała się przedstawić swoje stanowisko wobec przekazanego projektu umowy dopiero po zapoznaniu się z wynikami prac tej grupy.

W związku z ww. notą oraz ustaleniami dokonanymi w ramach polsko-rosyjskiej grupy roboczej w sprawie określenia warunków technicznych żeglugi po Zalewie Wiślanym/Kaliningradzkim (2-3 lutego 2006), według których dopuszcza się żeglugę statków o określonych parametrach po akwenie, w dniu 6 maja 2006 r. przekazano Ambasadzie FR drugą notę, w której strona polska ponownie poprosiła stronę rosyjską o zajęcie stanowiska odnośnie do przekazanego projektu umowy.

Pomimo sfinalizowania prac ww. grupy roboczej Rosjanie nadal zwlekali z wydaniem jednoznacznej zgody na korzystanie przez obce statki z cieśniny Pilawskiej.

W maju 2006 chargé d˝affaires Rzeczypospolitej Polskiej w Moskwie Wiktor Ross poruszał powyższą kwestię podczas rozmowy z Ministrem Spraw Zagranicznych Federacji Rosyjskiej Siergiejem Ławrowem i Dyrektorem Departamentu Europy Ministerstwa Spraw Zagranicznych Federacji Rosyjskiej Igorem Bratczikowem.

Ponadto 19 maja 2006 Sekretarz Stanu w Ministerstwie Spraw Zagranicznych, Barbara Tuge-Erecińska poruszyła sprawę przywrócenia żeglugi po Zalewie Wiślanym w rozmowie z nowo mianowanym Ambasadorem Federacji Rosyjskiej w Warszawie Władimirem Grininem.

Kolejna nota w przedmiotowej sprawie została wręczona przedstawicielowi Ambasady Rosyjskiej w Warszawie 2 czerwca 2006. W piśmie MSZ RP ponowił prośbę o udzielenie oficjalnej odpowiedzi na pytanie o warunki przywrócenia żeglugi statków pasażerskich między polskimi i rosyjskimi portami nadzalewowymi.

Blokada cieśniny Pilawskiej dotyczyła jednak tylko ruchu od strony polskich portów nadzalewowych. Bez przeszkód były wykonywane rejsy jednostek wszystkich bander wpływających z Morza Bałtyckiego przez Cieśninę Pilawską do portów rosyjskich. Z możliwości tej korzystała Żegluga Gdańska, wykonując rejsy pasażerskie między Trójmiastem, a Bałtijskiem. Strona rosyjska zapewniła, iż jednostki handlowe pod polską banderą mogą wykonywać rejsy przez Cieśninę Pilawską do polskich portów nadzalewowych i z powrotem.

Nie zadowalało to jednak strony polskiej. W Warszawie podjęto więc w listopadzie 2006 roku decyzję o budowie Przekopu Mierzei Wiślanej. Rosjanie natychmiast stwierdzili, że polska strona chce doprowadzić do katastrofy ekologicznej.

Jednak na początku września 2009, po spotkaniu Putina z Tuskiem w Gdańsku sprawa wróciła do punktu wyjścia. Polska i Rosja podpisały umowę o żegludze po Zalewie Wiślanym. Ze strony polskiej dokument podpisał wiceminister spraw zagranicznych Andrzej Kremer, a ze strony rosyjskiej wiceminister SZ Władimir Titow.
Umowa pozwala na ruch polskich statków przez Cieśninę Pilawską. Żegluga w cieśninie podlega tylko prawu rosyjskiemu. Wedle nowej umowy międzyrządowej przez Pilawę przepływać mogą obecnie tylko statki pod banderą rosyjską lub Unii Europejskiej. Nie wspomina się także o przewidywanych wcześniejszymi umowami odszkodowaniach za szkody spowodowane zamknięciem wbrew prawu międzynarodowemu i dwustronnym umowom, żeglugi w Cieśninie Pilawskiej.

Nadal jednak strona polska wcale nie zrezygnowała z przekopania Mierzei Wiślanej. To przedsięwzięcie jest zgodne z priorytetami Unii Europejskiej, która promuje proekologiczny transport morski. Umożliwia ono skrócenie drogi wodnej pomiędzy portem w Elblągu i portami Zalewu Wiślanego, a wodami Zatoki Gdańskiej.
Przyjęty przez Urząd Morski w Gdyni raport pozwoli na ustalenie zakresu dodatkowych badań przez Regionalną Dyrekcję Ochrony Środowiska, która w przyszłości wyda decyzję. Same badania przyrodnicze potrwają prawdopodobnie ok. 2 lat, a decyzja o środowiskowych uwarunkowaniach wymaga ok. 1,5 roku badań (postępowanie transgraniczne).

Decyzja nie podoba się ekologom. Proponują oni, aby nie budować kanału, tylko zatroszczyć się o istniejący już szlak wodny (tak zwana Pętla Żuławska) łączący siecią kanałów i rzek Zalew Wiślany z Bałtykiem.
Wedle orędownika przekopu, profesora Krzysztofa Luksa, (były minister transportu w rządzie Jerzego Buzka) to jednak tylko mrzonki. Pętlą Żuławską można pływać małym jachtem, ale statki pasażerskie, wodoloty, barki tędy nie przepłyną. Trzeba by szlak pogłębić i poszerzyć około dwa, trzy metry na odcinku co najmniej czterdziestu kilometrów. Poza tym na tym szlaku są mosty, śluzy, trzeba by je wyburzyć, zmienić sieć drogową. To by kosztowało co najmniej czterokrotnie więcej niż wybudowanie kanału przez mierzeję.
Kanał ma mieć kilometr długości i sto pięćdziesiąt metrów szerokości. To zaledwie siedem procent terenu parku krajobrazowego Mierzei Wiślanej. W żaden sposób nie wpłynie negatywnie, wedle Luksa, na przyrodę. Żyjące tam ptactwo przeniesie się po prostu gdzie indziej, kanału nie będzie się budować w okresie lęgowym.
Zwolennicy kanału dodają, że przekopanie mierzei będzie de facto powrotem do jej pierwotnego stanu, gdyż przed wiekami mierzeja była archipelagiem wysp.

Z powyższych planów wynika więc, że znów ożyje port w Elblągu. Wszystko jedno czy dzięki żegludze przez cieśninę Pilawską czy też przez przekop na Mierzei. To są miliony złotych z opłat portowych od statków pasażerskich i barek pływających na linii Elbląg - Kaliningrad. Skorzystają na tym też trójmiejskie przedsiębiorstwa z branży morskiej, które już przygotowują się do obsługi nowych linii żeglugowych.

Dyrektor elbląskiego portu ma głos

- Czy podpisanie umowy między rządowej w sprawie żeglugi po Zalewie Wiślanym jest dobrą nowiną dla elbląskiego portu – pytanie kieruję do Dyrektora Zarządu Portu Morskiego w Elblągu, Juliana Kołtońskiego.

- Oczywiście jest to bardzo korzystna dla nas wiadomość. Inna rzecz, iż jest to tylko powtórzenie warunków, które w latach dziewięćdziesiątych już mieliśmy. Obecnie mamy już zapytania od firm zajmujących się importem z Rosji węgla, kruszyw budowlanych, a nawet paliw. Zgłaszają się także armatorzy chcący pływać do Kaliningradu statkami pasażerskimi. Trzeba jednak pamiętać, że po zalewie obecnie mogą pływać tylko barki o zanurzeniu maksimum 1.8 metra. Pogłębianie toru wodnego po polskiej stronie nie opłaca się jeśli tego samego nie uczynią Rosjanie. A oni mówią, że to byłaby inwestycja nieopłacalna. Tym sposobem żadna z barek towarowych nie może tu przewozić więcej niż 500 – 600 ton ładunku.

- Czy podpisanie umowy o żegludze na zalewie powinno oznaczać rezygnację przez polską stronę z przekopania Mierzei Wiślanej.

- Absolutnie nie. Tylko dzięki przekopowi elbląski port będzie mógł wykorzystać swoje możliwości. Jak wiem, wedle rządowych planów zakończenie tej inwestycji jest planowane na rok 2016, a najpóźniej na 2018.

W Kaliningradzie

Żegluga przez cieśninę Pilawską interesuje także komentatorów w obwodzie kaliningradzkim. Jak twierdzi dziennikarz najpoważniejszego tu dziennika, „Kaliningradska Pravda”, Vadim Smirnov, w Kaliningradzie tutejsi czynownicy często obiecywali, że ważny dla obwodu problem żeglugi po Zalewie Wiślanym (Kaliningradzkim) zostanie rychło rozwiązany. Na obietnicach jednak się kończyło. Winna była polityka czyli złe stosunki Polski z Rosją. Nie zaradziła temu problemowi nawet oficjalna wizyta w Kaliningradzie w roku 2003 prezydenta RP, Aleksandra Kwaśniewskiego. Tu spotykał się on z ówczesnym prezydentem Rosji Władimirem Putinem.

W czasie wszystkich negocjacji w tej sprawie polscy dyplomaci naciskali by swobodna żegluga przez cieśninę do polskich portów nadzalewowych dotyczyła także statków pływających pod flagami państw trzecich. Władze rosyjskie zgadzały się tylko na okręty polskie.

Dla wielu rosyjskich firm zaangażowanych w handlu z Polską otwarcie cieśniny Pilawskiej oznaczałoby ominięcie wiecznie zatłoczonych drogowych przejść granicznych. Udrażnia to jednocześnie rejsy turystyczne, na których zależy szczególnie rosyjskim właścicielom sklepów wolnocłowych. Trzeba jednak pamiętać, że pełne otwarcie dla żeglugi cieśniny Pilawskiej to konieczność wybudowania całej infrastruktury: punkty odpraw, stanowiska celników itp. To miliony euro. Nie widać by takie pieniądze strona rosyjska chciała wyłożyć.

Krzysztof Szczepanik